Administrativamente Federico Blasco quedaba elegido como nuevo presidente, José Vallés vicepresidente, ejerciendo las funciones de secretario Vicente Peris, Manuel Valero vicesecretario, Antonio Aparicio tesorero y Joaquín Aracil contador. El debut en Categoría Nacional se lleva a cabo durante la temporada 46/47 con una excelente plantilla donde militan jugadores como Antonio Puchades, Quiliano Gago, Vicente Pechuán, Antonio Fuertes, Francisco Mir o Tomás Pomar que es subcampeona tras el C.D. El C.D. Mestalla se convierte en importante vivero de futbolistas para el Valencia C.F. Inscrito en Segunda Categoría, bajo la dirección de Valentín Reig Picolín la plantilla se proclamó Campeón de su grupo durante la edición 44/45, estrenándose en Primera Categoría en la campaña 45/46 con un subcampeonato cosechado tras el C.D.
